Analisis Spesifisitas Primer Deteksi Salmonella typhimurium dengan Metode Real-Time PCR

Abstract

Untuk meningkatkan akurasi deteksi Salmonella typhimurium (S.typhimurium), perlu dikembangkan metode deteksi yang spesifik dan cepat. Metode yang dapat digunakan adalah Real-Time PCR. Primer menentukan keberhasilan amplifikasi DNA target pada metode Real-Time PCR. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan spesifisitas primer deteksi S.typhimurium dengan metode Real-Time PCR. Analisis spesifisitas dilakukan dengan menguji primer pada DNA S.typhimurium sebagai kontrol positif serta Shigella sp dan E.coli sebagai kontrol negatif. Tahapan uji terdiri dari konfirmasi kultur bakteri S.typhimurium, ekstraksi DNA, analisis DNA dan analisis spesifisitas primer. Berdasarkan hasil penentuan kemurnian DNA yang dihasilkan dari proses ekstraksi berada pada rentang 1,8-2,0. Hasil analisis spesifisitas menggunakan aplikasi online NCBI diperoleh %GC berada diantara 40-60% dengan suhu leleh antara 52-58°C. Pengujian spesifisitas primer dengan metode Real-Time PCR diperoleh nilai Cycle treshold (Ct) S.typhimurium ≤ 29.